旧石器時代の村落跡は、キルギス全土で見られます。紀元前８世紀頃から中央アジアの草原地帯で活動していた強力な遊牧国家サカ族（スキタイの一派）の墳墓群があり、イシク・クル湖から青銅器などが発見されています。 紀元前後には、漢の武帝が娘を送り政略結婚をさせたほどの勢力のある騎馬民族烏孫がいました。イシク・クル湖底に沈む集落跡は、サカ族のものとも、烏孫のものともいわれています。 ６世紀、烏孫は消え、トルコ族遊牧国家突厥が建設されました。中国の玄奘三蔵の書には、インドに行く途中イシク・クル湖岸をとおり、砕葉城で突厥の王に会ったと書いてあります。その後カラハーン朝の都バラサグンの都邑ができましたが、モンゴルの侵入で廃墟となりました。 一方、アルタイ地方のエニセイ川上流域で暮らしていたキルギス人は、１６世紀には移動をほぼ終え、天山山脈のこの地に住むようになりました。この頃から、現在のキルギスでのキルギス人の歴史が始まったのですが、この地に落ち着いたとはいえ決して平穏ではありませんでした。中国清朝の支配を受けたり、１９世紀の初めにはコーカンド・ハーン国の圧政に耐えかねてロシアの援助を求め、結局１９世紀末には帝政ロシアの支配下におかれました。